Le microbiote (la flore digestive constituée de micro-organismes)  aide à dégrader les aliments, particulièrement d’origine végétale (indispensable aux phytophages).

Dans la mycorhize (symbiose végétal-champignon), le champignon permet d’augmenter l’apport de ressources nutritives du sol dont l’eau et le phosphate.

On parle de symbiose, l’hôte fournissant un habitat et une source alimentaire aux micro-organismes.